Istoria Facultăţii Medicină îşi are începutul în luna octombrie a anului 1945 şi  coincide cu transferul Institutului de Medicină din Sankt-Petersburg la Chişinău, pentru a fonda Institutul de Stat de Medicină din Republica Moldova. La momentul fondării Facultatea constituia baza Institutului şi includea cca. 250 studenţi ai anilor II-V şi 27 catedre socio-umanistice, fundamentale şi clinice. Primul decan al Facultăţii a fost profesorul A. Livov.

Graţie sporirii considerabile a numărului de studenţi şi a cadrelor didactice în anul 1970 Facultatea, condiţionat, este divizată în Medicina Generală Preclinică (aa.1-III) şi Facultatea Medicină Generală Clinică (aa IV-VI) 

Noile cerinţe în unificarea şi standardizarea procesului de instruire a viitorilor medici, tendinţa de a implementa experienţa europeană şi mondială în formarea cadrelor de medici impun în anul 1995 contopirea celor 2 facultăţi, Medicină Generală Preclinică şi Clinică într-o singură facultate - Medicină Generală, iar ulterior încorporarea în cadrul acesteia a facultăţilor de Pediatrie şi de Medicină Preventivă, astfel, formându-se definitiv specialitatea Medicină.

Actualmente, Facultatea Medicină cuprinde 2969 studenţi, 38 catedre, preclinice şi clinice şi un corp didactic alcătuit din 83 doctori habilitaţi în medicină - profesori universitari, 240 doctori-conferenţiari, 307 doctori în ştiinţe şi 291 lectori-asistenţi. De rând cu catedrele Facultăţii Medicină la instruirea studenţilor participă şi 20 catedre administrativ gestionate de alte decanate.

Aprecierea la justa valoare a activităţii Facultăţii a avut loc în decembrie 2005, când a fost evaluată de către Consiliul de Evaluare a Conferinţei Internaţionale a Decanilor de Medicină de Expresie Franceză CIDMEF.

Din 01.09.2004 în cadrul Facultăţii Medicină funcţionează Facultatea Sănătate Publică, care include 250 studenţi cu durata de studii de 6 ani,  urmărind scopul de a pregăti medici în domeniul managementului sanitar, igienei şi epidemiologiei.